腺嘌呤分子结构及仿真模型

腺嘌呤的分子结构式如左下图。应用X射线衍射分析法已证明了各种嘌呤和嘧啶的三维空间结构，嘌呤和嘧啶环很接近平面，但稍有挠折。

9-位氮原子的孤对电子参与环状共轭，氮-氢键的电子云可极化性降低，使这个氮原子上的氢易以氢离子形式离去。6-氨基未表现出氨的碱性，氨基氮原子的孤对电子也参与嘌呤环的共轭。在水溶液中，腺嘌呤的离解平衡关系如下中图。

由以上特征及轨道杂化理论，氨基氮及嘌呤环上九个碳、氮原子都采用SP2杂化，形成十原子十二电子的离域大π键的平面结构。稍有挠折是因为碳氮原子电负性不同，环上键长稍有区别，以及热运动引起的平面变形。用原子仿真模型拚装如右下图。